Jeżeli wniosek Beneficjenta otrzyma pozytywną ocenę, dostanie on oficjalną informację potwierdzającą  przyznanie dotacji. Po tym Wnioskodawca jest zobowiązany do wywiązania się z szeregu następujących obowiązków.

Podpisanie umowy o dofinansowanie.

Wnioskodawca podpisuje umowę z instytucją udzielającą wsparcia. Wykaz dokumentów niezbędnych do podpisania umowy może się różnić, w zależności od tego, jaki projekt jest realizowany. Część z nich jest wymagana od większości Beneficjentów. Są to np. dokumenty rejestrowe przedsiębiorstwa (CEIDG, KRS, NIP i REGON), kopia umowy o prowadzenie rachunku bankowego, aktualne zaświadczenia o niezaleganiu z należnościami publicznymi (ZUS, US) itp. Umowa o dofinansowanie zawiera warunki przyznania dotacji, harmonogram realizacji projektu oraz budżet. Wniosek o dofinansowanie jest załącznikiem do umowy. Oznacza to, że zmiany w projekcie zmienią zakres umowy.

Zadbanie o Kwalifikowalność wydatków.

W trakcie realizacji projektu Wnioskodawca musi zadbać o to, aby wydawać pieniądze zasadnie i efektywnie oraz zgodne z obowiązującymi przepisami prawa. Każdy wydatek musi być dokumentowany w sposób, jaki wymaga tego instytucja udzielająca  dofinansowania.

Kontrola projektu

Projekt podlega następującym kontrolom:  weryfikacja wniosków o płatność, kontrola w miejscu realizacji projektu lub w  siedzibie, kontrola krzyżowa (odbywa się wtedy, gdy Beneficjent realizuje więcej niż jeden projekt)

Po zakończeniu kontroli zostanie sporządzona informacja pokontrolna. Jeżeli zostaną wykryte nieprawidłowości, Beneficjent otrzyma oficjalnie zalecenia oraz termin na jego wypełnienie.

Wniosek o płatność

Beneficjent może go wypełnić i złożyć przez Centralny System Teleinformatyczny. System daje też możliwość przekazywania  korespondencji, harmonogramów, informacji o zamówieniach publicznych, danych dotyczących personelu i uczestników projektu.

Promocja i oznakowania

Korzystając z Funduszy Unijnych musimy pamiętać o obowiązku informacyjnym poprzez oznakowanie dokumentów projektowych. Oznakowanie musi zawierać znak Funduszy Europejskich, z nazwą programu, z którego realizowany jest projekt oraz znak Unii Europejskiej, z nazwą funduszu, z którego projekt uzyskał dofinansowanie.

Trwałość projektu

Mikro, małe i średnie przedsiębiorstwa objęte są obowiązkiem trwałości na okres 3 lat. Okres trwałości liczony jest od daty płatności końcowej dotacji.